Флаг Республики Алтай, наряду с гербом, является государственным символом Республики Алтай Российской Федерации.
2 июля 1992 года, Законом Республики Алтай, был учреждён первый государственный символ — флаг Республики Алтай.
3 марта 1993 года, постановлением Верховного Совета Республики Алтай, было принято Положение о флаге.
29 июня 1994 года, в связи с изменением пропорции флага России с 1:2 на 2:3, постановлением Государственного Собрания — Эл Курултая Республики Алтай, отношение ширины флага к его длине также было установлено как 2:3.
24 апреля 2003 года, постановлением Государственного Собрания — Эл Курултая Республики Алтай, был принят Конституционный закон Республики Алтай «О флаге Республики Алтай», внёсшим изменение в описание флага с возвращением пропорции — 1:2.

Описание
«Государственный флаг Республики Алтай представляет собой прямоугольное полотнище из четырёх горизонтальных полос: верхняя — белого цвета, нижняя — голубого, узкие полосы — белого и голубого цветов.
Соотношение полос составляет 1/4, 1/25 и 1/25 к ширине флага.
Отношение ширины флага к его длине 1:2».
Символика
Два цвета флага Республики Алтай соответствуют цветам Государственного флага Российской Федерации и подчёркивают, что Республика Алтай является субъектом Российской Федерации.

Описание
«Прямоугольное полотнище из четырёх горизонтальных полос: верхняя — белого цвета, нижняя — голубого, узкие полосы — белого и голубого цветов.
Отношение ширины флага к его длине 1:2.
Соотношение полос составляет 1/4, 1/25 и 1/25 к ширине флага».
Символика
Голубые полосы являются символом чистоты, неба, гор, рек и озёр Алтая.
Белые полосы олицетворяют вечность, стремление к возрождению, любви и согласию народов Республики Алтай.